一
宋真宗天禧三年(1019)十月十八日，在光州光山县(今属河南)做县令的陕州夏县(今山西夏县)人司马池喜得第三个儿子，为纪念其出生地，遂取名为司马光，字君实。
司马池辗转各地为官，司马光也跟随父亲奔波南北。7 岁的时候，有一天，司马光和几个小伙伴在院子里玩耍，院中一口大缸，蓄满了水。一个小伙伴攀上缸沿，不小心掉进了缸里，大家一看不好，都吓跑了。只有司马光没有跑，他急忙搬起一块石头猛力向缸砸去，缸破了，水流出来，小伙伴得救了。这个故事流传开来，汴京(今河南开封)、洛阳一带有人把它画成《小儿击瓮图》，后来成了童蒙课本的保留篇目。
司马池很注意对儿子的品德教育。有一次，司马光想吃青核桃，姐姐替他剥皮却怎么也剥不掉。姐姐走开后，一个女仆把青核桃放在开水里烫了一下，皮剥下来了。姐姐回来，问司马光是谁剥开的，他说自己剥的。不巧被父亲听见，严厉训斥说： “小子何得说谎!”这件事给司马光留下了深刻的印象，从此再也不说假话，并把忠诚老实当成为人处事的信条。多年后，司马光做了大官，同僚刘安世问他： 待人律己最重要的是什么?他说： 就是一个诚字。刘安世又问从何处做起?他说： 从不说假话做起。
司马光从7岁时开始学书，听人讲《左氏春秋》，产生了浓厚的兴趣，学得非常认真。散学后又讲给家人听，已经能够明白书的大意了。此后，司马光手不释卷，甚至入迷到不知饥渴寒暑的程度。
为了加倍努力，司马光曾特地用一截圆木当枕头，取名叫 “警枕。”圆木容易滚动，使人睡不稳。夜里圆木一动，司马光就惊醒了，随即披衣起床，挑灯夜读。
到了15岁时，司马光已博览群书，作文章文风朴实，辞旨深沉，颇有西汉之风。废寝忘食的刻苦学习，为司马光后来的治学和参政，打下了深厚扎实的学问基础。
二
根据宋朝的恩荫制度，五、六品以上的大臣的子弟都可以荫补做官。司马池官至天章阁待制，是四品官，就把司马光补为郊社斋郎，不久又改授将作监主簿。
但司马光不甘心靠父亲的庇荫庸碌一生，决心通过自己的奋斗有所作为。宋仁宗宝元元年(1038)，司马光参加科举考试，中进士甲科，授为奉礼郎。这时，司马池任杭州知州，司马光申请签书苏州判官，以便就近养亲，朝廷同意。到苏州不久，母亲聂氏病故，司马光居家守丧。母亲的丧期还未满，庆历元年(1041)底，父亲司马池又死去。双亲的相继辞世，使司马光悲恸万分，他累年执丧，毁瘠如礼。
庆历四年(1044)，司马光结束了五年的丁忧闲居生活，签书武成军(今河南滑县东)判官。翌年，又改宣德郎将作监主簿，权知韦城(今河南滑县)县事。在这里，他处理政务之暇，写了大量史论文章，如《权机论》、《才德论》、《廉颇论》、《应侯罢武安君兵》、《项羽诛韩生》、《汉高祖斩丁公》等。
庆历五年(1045)冬，司马光改授大理评事，奉诏入朝补为国子监直讲。宰相庞籍是司马池的故交，对司马光十分器重爱护，经庞籍力荐，皇祐三年(1051)，司马光升任馆阁校勘、同知太常礼院。
同知太常礼院是负责拟定典礼仪式的职务，司马光对朝廷中不合礼法的事情多所谏诤。宦官麦允言死后，宋仁宗诏令动用鹵簿仪仗送葬。司马光说： “繁缨以朝，孔子尚且认为不可。麦允言只是一个近习内侍，并无显勋大劳，却追赠他为三公官职，享受一品朝官的鹵簿，这比起繁缨以朝，不是太过份了吗?”夏竦死后，宋仁宗赐谥号为“文正”，这在大臣的谥号中是最好的了。司马光认为夏竦一生奢侈无度，聚敛无厌，言不符行，貌不应心，无论为人还是从政，都不值得称道，一再上言： “文正是谥号中之至美者，夏竦何许人也，岂有资格当之?”迫使宋仁宗收回成命，将夏竦改谥“文庄”。
皇祐五年(1053)，司马光迁殿中丞，除史馆检讨，修日历，改集贤校理。不久，庞籍因亲属受贿被弹劾罢相，出任郓州(今山东东平)知州，荐司马光为郓州典学。至和元年(1054) 春，司马光遂离开京师去郓州。次年冬，庞籍改授河东路经略安抚使、知并州(今山西太原)，又举司马光为并州通判。
河东路是个贫困地区，每年都要以高价从远处买进粮食，官民都很不便。在和西夏交界的麟州(今陕西神木北)地区有条南北走向的屈野河(今窑野河)，河西岸土地肥沃多良田。由于宋朝边防力量虚弱，河西的土地逐渐被西夏蚕食，成为河东一患。庞籍派司马光前往勘察，司马光建议： “在河西修筑二个堡寨，驻兵以制御夏人，然后募民耕垦，耕者众则籴贱，既可消除边患，亦可渐纾河东贵籴远输之扰”。庞籍采纳司马光的主张，决定修堡。但麟州守将郭恩勇而无谋，率兵连夜渡河，又不设防，被敌人打败而死。庞籍因此谪知青州(今属山东)。司马光歉疚不已，三次上书引咎自责，朝廷不予理会。后来庞籍病死，司马光到庞家升堂拜其妻如母，抚育其子如兄弟，尽力报答这位先辈的知遇之恩。
嘉祐二年(1057)六月，司马光第二次入朝改授太常博士、祠部员外郎直秘阁、开封府推官。交阯贡献来异兽，说是麒麟。在古代麒麟常作为吉祥太平的象征，司马光却说： “这异兽是不是真麒麟尚未可知，即使是真的，不是它自己出现也不足以当作瑞兆，请求归还其兽”。并且奏赋以示讽谏。
嘉祐六年(1061)，司马光擢修起居注，判礼部。司天监奏称要发生日食，按照惯例，如果只发生日偏食，或者虽有日食但京师看不见，群臣都要上表称贺。司马光说： “发生日食，四方能见而京师不能见，这是人君被阴邪所蒙蔽; 天下皆知而朝廷独不知，则其为灾只会更甚，不当称贺”。宋仁宗采纳其议。
三
嘉祐六年(1061)七月，司马光迁起居舍人，同知谏院。谏院职掌规谏讽谕，是专门批评朝政得失的机构。司马光对担任这一职务非常高兴，他在给宋仁宗的奏疏中就说： “臣自幼学先王治国之道，意欲有益于当代，所以虽在外地为官，犹愿竭其愚心力陈国家所急之务，况且现在立身于陛下左右，以言事为职责呢? 这确实是臣竭忠报国的千载难逢之时，如果臣不在此时倾尽胸腹之所有，以报答陛下委任之恩，则死有余罪矣”。因此，司马光在五年(1061—1065)谏官任上，以其刚正不阿的性格，从内政外交到社会道德，提出了许多批评和建议。
这年，苏辙应“贤良方正能言极谏”科考试，在策论中直言无讳地指责宋仁宗耽于淫乐，奢侈腐化，以致民生穷困、国弱财尽。考官范镇、胡宿认为苏辙太无礼，而且言过其实，主张黜落不取。司马光却认为苏辙有爱国忧君之心，正应奖励。结果使苏辙列于第四等录取。
宋仁宗是宋真宗和李宸妃所生，但他一出世就被真宗的刘皇后据为己有，李宸妃被摒居冷宫，默默死去，终生没有得到仁宗的孝养。后来宋仁宗知道自己的身世，为厚待李氏，便把自己的女儿兖国公主嫁给了李宸妃的弟弟李用和之子李玮。然而李玮和兖国公主婚后一直不睦，公主养了好几个男宠，对婆婆杨氏也极端无礼。一天夜里，兖国公主正与一男子淫戏，冷不丁被杨氏从窗外瞧见，公主顿时恼羞成怒，命人将婆婆拖到院中痛打不已。之后仍余怒未消，竟深夜叫开宫门跑到宋仁宗面前大告御状。在公主生母苗贤妃的挑拨下，宋仁宗诏令李玮和公主离婚，将李玮贬知卫州，母亲杨氏归李玮哥哥李璋赡养。司马光上书说： “陛下追怀生母，缔结姻亲为的是常贵其家，现在却弄得李玮母子离析，家事流落，老少忧愁，难以为生，这岂是陛下之初衷? 章懿太后(即李宸妃)的忌日又快到了，陛下看看太后的遗物，难道就没有一点雨露之戚、悽怆之心吗?李玮已贬，公主亦不能无罪!”宋仁宗感悟，将公主降封为沂国公主，流放其男宠，待李氏恩宠不衰。
在封建社会的世袭制度下，皇帝都早早确立太子，作为储君，皇帝一死，太子就是当然的继承人。如果皇帝死时还没立太子，那就往往在继立新君的问题上发生纠纷，导致宫廷内乱，重者危及社稷。所以立嗣是封建政权内部一件非常重要的大事，称为“国本”。宋仁宗已快50岁了，还一直没立太子，因为他先前生的三个儿子都相继夭折，以后再没生儿子，后来宋仁宗多次患病，有时不省人事，几个月不能上朝。可是对于国嗣之事，却无人敢轻易议论。人们之所以不敢进言，一则因为建议早立太子，就意味着皇帝不会再有亲生子，皇位只好传给别人的骨肉; 二则还意味着催促皇帝准备后事。这样，万一皇上动怒，往往会招来横祸。随着宋仁宗身体每况愈下，问题的迫切性日益突出。司马光的老朋友谏官范镇遂首倡其议，奏请宋仁宗立嗣。那时司马光还在并州任通判，闻知消息，立即遥相呼应，连上三道奏章，阐明立嗣乃朝廷至大至急之务，恳请宋仁宗在宗室中择人为嗣，并写信给范镇，鼓励他以死力争。
等到司马光做了谏官，刚一个多月，就面见宋仁宗，说： “臣过去通判并州时所上的三道奏章，愿陛下果断力行”。宋仁宗一时不知所指何事，沉思良久，才回想起来，说： “莫非是欲选宗室为继嗣者吗?此乃忠臣之言，只是一般人不敢提及罢了”。司马光说： “臣进言此事，自以为必死，没想到陛下会开诚嘉纳”。宋仁宗说： “这有何害，古今皆有之”。司马光以为宋仁宗真的要考虑自己的意见，满心欢喜地退了出去。
然而过了一些日子，仍旧不见动静，司马光又上疏说： “臣过去的进言，以为会被陛下立即施行; 但至今寂无所闻，这必定是有小人以陛下年富力强、何必立刻做不祥之事为理由从中阻挠的结果。小人无远虑，不为社稷着想，只是企图在仓猝之际，拥立他所厚善之人，以便投机邀功而已。由此造成的 ‘定策国老’、‘天子门生’之祸，可胜言哉?”宋仁宗览疏，大为感动，说： “将此疏送往中书讨论”。
司马光仍不放心，又来到中书省，对宰相韩琦等人说： “诸公若不现在定议，将来一旦宫中半夜里传出一张小纸片，嘱以某某人为嗣，那天下人谁敢违命?”韩琦等人拱手赞同道： “敢不尽力?”不久，宋仁宗终于诏令封其堂兄濮安懿王赵允让的第十三个儿子赵曙判宗正寺。次年(1062)八月，遂立赵曙为皇太子。
嘉祐八年(1063)三月二十九日，宋仁宗病死，赵曙即皇帝位，是为宋英宗，不几天患重病，由皇太后曹氏垂帘听政。司马光上疏说： “过去章献明肃刘太后有保佑先帝之功，只因垂帘听政时亲用外戚小人，以致负谤于海内。今太后摄政之际，大臣中忠厚者如王曾，清纯者如张知白，刚正者如鲁宗道，质直者如薛奎等，皆当信用之。猥鄙者如马季良，谗谄者如罗崇勋，皆当疏远之。这样则天下畏服”。
治平元年(1064)夏，宋英宗疾愈，曹太后撤帘还政。宋英宗是作为宋仁宗的过继儿子被立为皇太子的，论理只有宋仁宗和曹太后才是他的皇父母，而对于他的生父濮安懿王赵允让，只能按宗族辈份称为皇伯。然而对宋英宗来说，真正有感情的还是其亲生父母，他认为自己当了皇帝，就应该父因子贵，生父不应仍然处在皇伯和王的地位上。司马光看出宋英宗的心思，奏言： “汉宣帝为汉昭帝之后，始终不追尊卫太子、史皇孙; 光武帝上继汉元帝，亦不追尊巨鹿、南顿君。此乃万世之法”。治平二年(1065)四月，宋英宗果然诏令礼官及待制以上的官员讨论应如何崇奉濮王的典礼。此诏一下，朝廷之上立即纷争鼎沸，掀起了一场轰动一时的政治风波，史称“濮议”。
宰执大臣韩琦、欧阳修等人认为自古无称生父为伯之理，赵允让应称皇考，形成“皇考派”。司马光则更明确地以“为人后者为其子，不得顾私亲”为理由，认为赵允让只能称皇伯，并以他为首形成“皇伯派”。两派互不相让，争执不休。次年正月，争论达到了高潮，侍御史吕诲、范纯仁，监察御史吕大防等引经据典，先后上了七道奏疏，支持司马光的意见，并弹劾韩琦专权导谀，欧阳修首开邪议，要求予以贬黜。韩琦等设计窃得曹太后的懿旨，不仅令宋英宗对赵允让夫妇称亲，而且可尊崇他们为帝后。宋英宗故作姿态辞让一番，只接受称亲之礼，最终形成了赵允让和宋仁宗并称皇考的方案。范纯仁等以更激烈的言辞上书反对，吕诲甚至扬言要与宰执大臣不共戴天。宋英宗将范纯仁、吕诲等六位御史贬罢出朝。司马光乞请留之，无效，遂请与之俱贬，亦不许。
司马光仍为谏官，依旧对朝廷政事谏诤不已。曹太后的弟弟曹侑并无劳绩，却被宋英宗拜为使相，司马光说： “陛下欲以慰母心，固然可以，但曹侑封官实无理由，只怕宿卫将帅、内侍小臣，必有觊觎之望。”宋英宗升迁宦官任守忠的职位，司马光又弹劾说： “任守忠是大奸之徒，陛下为皇子，任守忠不满意，遂向先帝百般离间，沮坏大计; 陛下嗣位后，任守忠又反复交构，挑拨是非，真乃国之大贼、人之大蠹! 乞斩于都市，以谢天下”。宋英宗遂贬任守忠为节度副使，监管于蕲州。
宋仁宗死后，宋英宗沿用乾兴年间宋真宗死时的做法，把宋仁宗价值百余万的遗物颁赐给群臣。司马光率谏院属官三次上章表示反对： “国有大忧，内外窘乏，不可专用乾兴旧例。若遗赐不可辞，应允许群臣把所赐金帛进献以助陵墓之费”。宋英宗不许。司马光只好将所得珍珠交给谏院作公使钱，所得金银赠给亲属，自己不肯动用分毫。
治平元年(1064)秋，西夏国王谅祚出兵犯边，杀掠人畜。为加强西北边防，宰相韩琦建议宋英宗仿效河东、河北两路刺义勇的办法，在陕西路亦刺义勇。所谓刺义勇，就是在招募的士兵身上刺字。其法始于唐末，目的是防止士兵逃亡。宋承五代旧制，凡是招募的士兵都要刺字，刺字的部位有脸、手臂、手背等，这种屈辱性的做法与对待囚犯差不多，说明士兵的社会地位极其低下，人们不到万不得已是很少有人愿意投军当兵的，“好铁不打钉，好人不当兵”这句话就是那时流传下来的。但宋英宗采纳了韩琦的建议，诏令刺陕西百姓20万人为义勇军，每人给钱二千，用以购置弓箭。
司马光坚决反对刺义勇，先后六次上疏极陈其害。他说庆历年间陕西征乡兵已搞得百姓骨肉流离，田园荡尽，现在陕西百姓更加困苦，又遭灾荒，如果再刺义勇，必定会造成更严重的骚乱。他认为加强边防不只是增添军马，积贮粮食，更重要的是择将帅而修军政。现在陕西沿边的禁军多达万余人，朝廷若能善择将帅，选其精锐，勤加教习，明行赏罚，取胜并不难，否则一味拉夫凑数，只能是徒有虚名，而实不中用。
司马光的六道奏疏并没有引起宋英宗的重视，他便手执札子到中书省找首倡此事的韩琦进行了一场激烈的辩论。韩琦说： “用兵最重要的是先声夺人，谅祚正桀骜狂悖，假使忽然听说我们增兵20万，岂不震
恐惧?”司马光说： “兵家所谓的先声，是指并无其实的虚声，只可以奏效于一日之间罢了。现在我们忽然增了兵，但这些兵实际并不可用，不过十日，西夏将会知其详情，还有什么可怕的?”韩琦说： “你只是看见庆历年间把乡兵刺配为保捷军，担心现在也会那样，其实朝廷已颁布敕榜，与民约定永远不将他们充军戍边了”。司马光说： “朝廷曾经失过信的，百姓未必会全信誓约，即使我也不能没有疑虑”。韩琦说： “我在此，你不必担心”。司马光说： “公任宰相时，或许能够保证，若将来别人当位，利用公现在招募的兵卒，使之运粮戍边，易于反掌而已”。韩琦默然，但始终不肯接受司马光的意见，继续刺义勇。发展的结果果然象司马光所预料的： 一是兵额虽然大增，但近似乌合之众而不可用; 二是其后不到十年，朝廷违背诺言，让义勇运粮戍边，率以为常。
一
宋真宗天禧三年(1019)十月十八日，在光州光山县(今属河南)做县令的陕州夏县(今山西夏县)人司马池喜得第三个儿子，为纪念其出生地，遂取名为司马光，字君实。
司马池辗转各地为官，司马光也跟随父亲奔波南北。7 岁的时候，有一天，司马光和几个小伙伴在院子里玩耍，院中一口大缸，蓄满了水。一个小伙伴攀上缸沿，不小心掉进了缸里，大家一看不好，都吓跑了。只有司马光没有跑，他急忙搬起一块石头猛力向缸砸去，缸破了，水流出来，小伙伴得救了。这个故事流传开来，汴京(今河南开封)、洛阳一带有人把它画成《小儿击瓮图》，后来成了童蒙课本的保留篇目。
司马池很注意对儿子的品德教育。有一次，司马光想吃青核桃，姐姐替他剥皮却怎么也剥不掉。姐姐走开后，一个女仆把青核桃放在开水里烫了一下，皮剥下来了。姐姐回来，问司马光是谁剥开的，他说自己剥的。不巧被父亲听见，严厉训斥说： “小子何得说谎!”这件事给司马光留下了深刻的印象，从此再也不说假话，并把忠诚老实当成为人处事的信条。多年后，司马光做了大官，同僚刘安世问他： 待人律己最重要的是什么?他说： 就是一个诚字。刘安世又问从何处做起?他说： 从不说假话做起。
司马光从7岁时开始学书，听人讲《左氏春秋》，产生了浓厚的兴趣，学得非常认真。散学后又讲给家人听，已经能够明白书的大意了。此后，司马光手不释卷，甚至入迷到不知饥渴寒暑的程度。
为了加倍努力，司马光曾特地用一截圆木当枕头，取名叫 “警枕。”圆木容易滚动，使人睡不稳。夜里圆木一动，司马光就惊醒了，随即披衣起床，挑灯夜读。
到了15岁时，司马光已博览群书，作文章文风朴实，辞旨深沉，颇有西汉之风。废寝忘食的刻苦学习，为司马光后来的治学和参政，打下了深厚扎实的学问基础。
二
根据宋朝的恩荫制度，五、六品以上的大臣的子弟都可以荫补做官。司马池官至天章阁待制，是四品官，就把司马光补为郊社斋郎，不久又改授将作监主簿。
但司马光不甘心靠父亲的庇荫庸碌一生，决心通过自己的奋斗有所作为。宋仁宗宝元元年(1038)，司马光参加科举考试，中进士甲科，授为奉礼郎。这时，司马池任杭州知州，司马光申请签书苏州判官，以便就近养亲，朝廷同意。到苏州不久，母亲聂氏病故，司马光居家守丧。母亲的丧期还未满，庆历元年(1041)底，父亲司马池又死去。双亲的相继辞世，使司马光悲恸万分，他累年执丧，毁瘠如礼。
庆历四年(1044)，司马光结束了五年的丁忧闲居生活，签书武成军(今河南滑县东)判官。翌年，又改宣德郎将作监主簿，权知韦城(今河南滑县)县事。在这里，他处理政务之暇，写了大量史论文章，如《权机论》、《才德论》、《廉颇论》、《应侯罢武安君兵》、《项羽诛韩生》、《汉高祖斩丁公》等。
庆历五年(1045)冬，司马光改授大理评事，奉诏入朝补为国子监直讲。宰相庞籍是司马池的故交，对司马光十分器重爱护，经庞籍力荐，皇祐三年(1051)，司马光升任馆阁校勘、同知太常礼院。
同知太常礼院是负责拟定典礼仪式的职务，司马光对朝廷中不合礼法的事情多所谏诤。宦官麦允言死后，宋仁宗诏令动用鹵簿仪仗送葬。司马光说： “繁缨以朝，孔子尚且认为不可。麦允言只是一个近习内侍，并无显勋大劳，却追赠他为三公官职，享受一品朝官的鹵簿，这比起繁缨以朝，不是太过份了吗?”夏竦死后，宋仁宗赐谥号为“文正”，这在大臣的谥号中是最好的了。司马光认为夏竦一生奢侈无度，聚敛无厌，言不符行，貌不应心，无论为人还是从政，都不值得称道，一再上言： “文正是谥号中之至美者，夏竦何许人也，岂有资格当之?”迫使宋仁宗收回成命，将夏竦改谥“文庄”。
皇祐五年(1053)，司马光迁殿中丞，除史馆检讨，修日历，改集贤校理。不久，庞籍因亲属受贿被弹劾罢相，出任郓州(今山东东平)知州，荐司马光为郓州典学。至和元年(1054) 春，司马光遂离开京师去郓州。次年冬，庞籍改授河东路经略安抚使、知并州(今山西太原)，又举司马光为并州通判。
河东路是个贫困地区，每年都要以高价从远处买进粮食，官民都很不便。在和西夏交界的麟州(今陕西神木北)地区有条南北走向的屈野河(今窑野河)，河西岸土地肥沃多良田。由于宋朝边防力量虚弱，河西的土地逐渐被西夏蚕食，成为河东一患。庞籍派司马光前往勘察，司马光建议： “在河西修筑二个堡寨，驻兵以制御夏人，然后募民耕垦，耕者众则籴贱，既可消除边患，亦可渐纾河东贵籴远输之扰”。庞籍采纳司马光的主张，决定修堡。但麟州守将郭恩勇而无谋，率兵连夜渡河，又不设防，被敌人打败而死。庞籍因此谪知青州(今属山东)。司马光歉疚不已，三次上书引咎自责，朝廷不予理会。后来庞籍病死，司马光到庞家升堂拜其妻如母，抚育其子如兄弟，尽力报答这位先辈的知遇之恩。
嘉祐二年(1057)六月，司马光第二次入朝改授太常博士、祠部员外郎直秘阁、开封府推官。交阯贡献来异兽，说是麒麟。在古代麒麟常作为吉祥太平的象征，司马光却说： “这异兽是不是真麒麟尚未可知，即使是真的，不是它自己出现也不足以当作瑞兆，请求归还其兽”。并且奏赋以示讽谏。
嘉祐六年(1061)，司马光擢修起居注，判礼部。司天监奏称要发生日食，按照惯例，如果只发生日偏食，或者虽有日食但京师看不见，群臣都要上表称贺。司马光说： “发生日食，四方能见而京师不能见，这是人君被阴邪所蒙蔽; 天下皆知而朝廷独不知，则其为灾只会更甚，不当称贺”。宋仁宗采纳其议。
三
嘉祐六年(1061)七月，司马光迁起居舍人，同知谏院。谏院职掌规谏讽谕，是专门批评朝政得失的机构。司马光对担任这一职务非常高兴，他在给宋仁宗的奏疏中就说： “臣自幼学先王治国之道，意欲有益于当代，所以虽在外地为官，犹愿竭其愚心力陈国家所急之务，况且现在立身于陛下左右，以言事为职责呢? 这确实是臣竭忠报国的千载难逢之时，如果臣不在此时倾尽胸腹之所有，以报答陛下委任之恩，则死有余罪矣”。因此，司马光在五年(1061—1065)谏官任上，以其刚正不阿的性格，从内政外交到社会道德，提出了许多批评和建议。
这年，苏辙应“贤良方正能言极谏”科考试，在策论中直言无讳地指责宋仁宗耽于淫乐，奢侈腐化，以致民生穷困、国弱财尽。考官范镇、胡宿认为苏辙太无礼，而且言过其实，主张黜落不取。司马光却认为苏辙有爱国忧君之心，正应奖励。结果使苏辙列于第四等录取。
宋仁宗是宋真宗和李宸妃所生，但他一出世就被真宗的刘皇后据为己有，李宸妃被摒居冷宫，默默死去，终生没有得到仁宗的孝养。后来宋仁宗知道自己的身世，为厚待李氏，便把自己的女儿兖国公主嫁给了李宸妃的弟弟李用和之子李玮。然而李玮和兖国公主婚后一直不睦，公主养了好几个男宠，对婆婆杨氏也极端无礼。一天夜里，兖国公主正与一男子淫戏，冷不丁被杨氏从窗外瞧见，公主顿时恼羞成怒，命人将婆婆拖到院中痛打不已。之后仍余怒未消，竟深夜叫开宫门跑到宋仁宗面前大告御状。在公主生母苗贤妃的挑拨下，宋仁宗诏令李玮和公主离婚，将李玮贬知卫州，母亲杨氏归李玮哥哥李璋赡养。司马光上书说： “陛下追怀生母，缔结姻亲为的是常贵其家，现在却弄得李玮母子离析，家事流落，老少忧愁，难以为生，这岂是陛下之初衷? 章懿太后(即李宸妃)的忌日又快到了，陛下看看太后的遗物，难道就没有一点雨露之戚、悽怆之心吗?李玮已贬，公主亦不能无罪!”宋仁宗感悟，将公主降封为沂国公主，流放其男宠，待李氏恩宠不衰。
在封建社会的世袭制度下，皇帝都早早确立太子，作为储君，皇帝一死，太子就是当然的继承人。如果皇帝死时还没立太子，那就往往在继立新君的问题上发生纠纷，导致宫廷内乱，重者危及社稷。所以立嗣是封建政权内部一件非常重要的大事，称为“国本”。宋仁宗已快50岁了，还一直没立太子，因为他先前生的三个儿子都相继夭折，以后再没生儿子，后来宋仁宗多次患病，有时不省人事，几个月不能上朝。可是对于国嗣之事，却无人敢轻易议论。人们之所以不敢进言，一则因为建议早立太子，就意味着皇帝不会再有亲生子，皇位只好传给别人的骨肉; 二则还意味着催促皇帝准备后事。这样，万一皇上动怒，往往会招来横祸。随着宋仁宗身体每况愈下，问题的迫切性日益突出。司马光的老朋友谏官范镇遂首倡其议，奏请宋仁宗立嗣。那时司马光还在并州任通判，闻知消息，立即遥相呼应，连上三道奏章，阐明立嗣乃朝廷至大至急之务，恳请宋仁宗在宗室中择人为嗣，并写信给范镇，鼓励他以死力争。
等到司马光做了谏官，刚一个多月，就面见宋仁宗，说： “臣过去通判并州时所上的三道奏章，愿陛下果断力行”。宋仁宗一时不知所指何事，沉思良久，才回想起来，说： “莫非是欲选宗室为继嗣者吗?此乃忠臣之言，只是一般人不敢提及罢了”。司马光说： “臣进言此事，自以为必死，没想到陛下会开诚嘉纳”。宋仁宗说： “这有何害，古今皆有之”。司马光以为宋仁宗真的要考虑自己的意见，满心欢喜地退了出去。
然而过了一些日子，仍旧不见动静，司马光又上疏说： “臣过去的进言，以为会被陛下立即施行; 但至今寂无所闻，这必定是有小人以陛下年富力强、何必立刻做不祥之事为理由从中阻挠的结果。小人无远虑，不为社稷着想，只是企图在仓猝之际，拥立他所厚善之人，以便投机邀功而已。由此造成的 ‘定策国老’、‘天子门生’之祸，可胜言哉?”宋仁宗览疏，大为感动，说： “将此疏送往中书讨论”。
司马光仍不放心，又来到中书省，对宰相韩琦等人说： “诸公若不现在定议，将来一旦宫中半夜里传出一张小纸片，嘱以某某人为嗣，那天下人谁敢违命?”韩琦等人拱手赞同道： “敢不尽力?”不久，宋仁宗终于诏令封其堂兄濮安懿王赵允让的第十三个儿子赵曙判宗正寺。次年(1062)八月，遂立赵曙为皇太子。
嘉祐八年(1063)三月二十九日，宋仁宗病死，赵曙即皇帝位，是为宋英宗，不几天患重病，由皇太后曹氏垂帘听政。司马光上疏说： “过去章献明肃刘太后有保佑先帝之功，只因垂帘听政时亲用外戚小人，以致负谤于海内。今太后摄政之际，大臣中忠厚者如王曾，清纯者如张知白，刚正者如鲁宗道，质直者如薛奎等，皆当信用之。猥鄙者如马季良，谗谄者如罗崇勋，皆当疏远之。这样则天下畏服”。
治平元年(1064)夏，宋英宗疾愈，曹太后撤帘还政。宋英宗是作为宋仁宗的过继儿子被立为皇太子的，论理只有宋仁宗和曹太后才是他的皇父母，而对于他的生父濮安懿王赵允让，只能按宗族辈份称为皇伯。然而对宋英宗来说，真正有感情的还是其亲生父母，他认为自己当了皇帝，就应该父因子贵，生父不应仍然处在皇伯和王的地位上。司马光看出宋英宗的心思，奏言： “汉宣帝为汉昭帝之后，始终不追尊卫太子、史皇孙; 光武帝上继汉元帝，亦不追尊巨鹿、南顿君。此乃万世之法”。治平二年(1065)四月，宋英宗果然诏令礼官及待制以上的官员讨论应如何崇奉濮王的典礼。此诏一下，朝廷之上立即纷争鼎沸，掀起了一场轰动一时的政治风波，史称“濮议”。
宰执大臣韩琦、欧阳修等人认为自古无称生父为伯之理，赵允让应称皇考，形成“皇考派”。司马光则更明确地以“为人后者为其子，不得顾私亲”为理由，认为赵允让只能称皇伯，并以他为首形成“皇伯派”。两派互不相让，争执不休。次年正月，争论达到了高潮，侍御史吕诲、范纯仁，监察御史吕大防等引经据典，先后上了七道奏疏，支持司马光的意见，并弹劾韩琦专权导谀，欧阳修首开邪议，要求予以贬黜。韩琦等设计窃得曹太后的懿旨，不仅令宋英宗对赵允让夫妇称亲，而且可尊崇他们为帝后。宋英宗故作姿态辞让一番，只接受称亲之礼，最终形成了赵允让和宋仁宗并称皇考的方案。范纯仁等以更激烈的言辞上书反对，吕诲甚至扬言要与宰执大臣不共戴天。宋英宗将范纯仁、吕诲等六位御史贬罢出朝。司马光乞请留之，无效，遂请与之俱贬，亦不许。
司马光仍为谏官，依旧对朝廷政事谏诤不已。曹太后的弟弟曹侑并无劳绩，却被宋英宗拜为使相，司马光说： “陛下欲以慰母心，固然可以，但曹侑封官实无理由，只怕宿卫将帅、内侍小臣，必有觊觎之望。”宋英宗升迁宦官任守忠的职位，司马光又弹劾说： “任守忠是大奸之徒，陛下为皇子，任守忠不满意，遂向先帝百般离间，沮坏大计; 陛下嗣位后，任守忠又反复交构，挑拨是非，真乃国之大贼、人之大蠹! 乞斩于都市，以谢天下”。宋英宗遂贬任守忠为节度副使，监管于蕲州。
宋仁宗死后，宋英宗沿用乾兴年间宋真宗死时的做法，把宋仁宗价值百余万的遗物颁赐给群臣。司马光率谏院属官三次上章表示反对： “国有大忧，内外窘乏，不可专用乾兴旧例。若遗赐不可辞，应允许群臣把所赐金帛进献以助陵墓之费”。宋英宗不许。司马光只好将所得珍珠交给谏院作公使钱，所得金银赠给亲属，自己不肯动用分毫。
治平元年(1064)秋，西夏国王谅祚出兵犯边，杀掠人畜。为加强西北边防，宰相韩琦建议宋英宗仿效河东、河北两路刺义勇的办法，在陕西路亦刺义勇。所谓刺义勇，就是在招募的士兵身上刺字。其法始于唐末，目的是防止士兵逃亡。宋承五代旧制，凡是招募的士兵都要刺字，刺字的部位有脸、手臂、手背等，这种屈辱性的做法与对待囚犯差不多，说明士兵的社会地位极其低下，人们不到万不得已是很少有人愿意投军当兵的，“好铁不打钉，好人不当兵”这句话就是那时流传下来的。但宋英宗采纳了韩琦的建议，诏令刺陕西百姓20万人为义勇军，每人给钱二千，用以购置弓箭。
司马光坚决反对刺义勇，先后六次上疏极陈其害。他说庆历年间陕西征乡兵已搞得百姓骨肉流离，田园荡尽，现在陕西百姓更加困苦，又遭灾荒，如果再刺义勇，必定会造成更严重的骚乱。他认为加强边防不只是增添军马，积贮粮食，更重要的是择将帅而修军政。现在陕西沿边的禁军多达万余人，朝廷若能善择将帅，选其精锐，勤加教习，明行赏罚，取胜并不难，否则一味拉夫凑数，只能是徒有虚名，而实不中用。
司马光的六道奏疏并没有引起宋英宗的重视，他便手执札子到中书省找首倡此事的韩琦进行了一场激烈的辩论。韩琦说： “用兵最重要的是先声夺人，谅祚正桀骜狂悖，假使忽然听说我们增兵20万，岂不震恐惧?”司马光说： “兵家所谓的先声，是指并无其实的虚声，只可以奏效于一日之间罢了。现在我们忽然增了兵，但这些兵实际并不可用，不过十日，西夏将会知其详情，还有什么可怕的?”韩琦说： “你只是看见庆历年间把乡兵刺配为保捷军，担心现在也会那样，其实朝廷已颁布敕榜，与民约定永远不将他们充军戍边了”。司马光说： “朝廷曾经失过信的，百姓未必会全信誓约，即使我也不能没有疑虑”。韩琦说： “我在此，你不必担心”。司马光说： “公任宰相时，或许能够保证，若将来别人当位，利用公现在招募的兵卒，使之运粮戍边，易于反掌而已”。韩琦默然，但始终不肯接受司马光的意见，继续刺义勇。发展的结果果然象司马光所预料的： 一是兵额虽然大增，但近似乌合之众而不可用; 二是其后不到十年，朝廷违背诺言，让义勇运粮戍边，率以为常。
四
治平四年(1067)正月，宋神宗即位。此时的司马光已是谠言嘉谋、著在两朝的名臣，经参知政事欧阳修的荐举，司马光被擢升为专掌起草诰敕的翰林学士，他力辞，宋神宗对他说： “古之君子，或者有学识而无文采，或者有文采而无学识，只有董仲舒、扬雄兼而有之，你的学识文采亦皆兼备，为何推辞?”司马光回答： “臣不擅长四六骈俪之文”。宋神宗说： “象两汉那样起草诏敕就可以了，况且你进士甲科及第却说不能做四六之文，这是何故?”司马光不得已而受命。不久，司马光担任了一段时间的御史中丞，再拜为翰林学士兼侍读。由此可见宋神宗对他的了解和器重。
正当司马光步步荣升的时候，一场深刻、复杂的大规模改革运动也山雨欲来。事实上，改革的酝酿早在宋仁宗时期就开始了。庆历新政失败后，改革的呼声经短暂沉寂之后再度高涨起来。那时要求改革的人很多，王安石和司马光都是其中的代表人物。当时两人在朝同修起居注，既是同僚，又是朋友，闲暇之际，常和吕公著、韩维一起聚会，往往宴谈一整天，别人很少能够参与，时人称他们为“嘉祐四友”。当时的王安石和司马光不仅私交密切，对政治形势的认识也颇一致。都感到了封建统治危机的严重性，主张实行政策、制度上的全面改革。
继王安石长达万言的《上仁宗皇帝言事书》之后，嘉祐七年(1062)七月，司马光也向宋仁宗奏进了五千余言的《论财利疏》，针对国家财力枯竭的状况，比较系统地阐述了自己的改革主张： 选拔内行官吏加强理财，改革役法减轻农民负担，节省冗费反对挥霍等等。
虽然司马光曾和王安石一样，都主张通过改革解决社会积弊，消除宋朝的统治危机，在一些改革见解上也有较多共识，但两人的思想方法却存在着很大的差异。司马光思想倾向保守持重，有时偏执主观，创新精神不足; 王安石则活跃激进、勇于标新立异。当熙宁初年改革活动正式展开的时候，这种思想方法的差异便终于导致了他们后来政见的严重分歧。
两人最早的分歧是从复议一桩狱案开始的。熙宁元年 (1068)，登州(今山东蓬莱)有个叫阿云的女子，因为嫌她丈夫韦阿大相貌丑陋，趁韦阿大在田间睡觉的时候，将他砍了十几刀，造成重伤。阿云被捕，知州许遵认为阿云是谋杀未遂，又是自首，遂判减罪二等。此案上报朝廷，大理寺和刑部以谋杀已伤罪定以绞刑处死。许遵不服，宋神宗诏命同任翰林学士的司马光和王安石商议定夺。王安石按照法律“因犯杀伤而自首者，得免所因之罪”的条文，同意许遵的判决。司马光则认为应当推原立法之本意，然后断狱，法律规定“因犯杀伤”而免 “所因之罪”，是指本无杀伤之意的误伤而言，韦阿大虽未致命，阿云却是存心谋杀，因此支持大理寺和刑部所判绞刑。
紧接着，两人又在如何理财的问题上再次展开了交锋。熙宁元年(1068)七月间，河北一带接连发生严重水灾和地震。鉴于国用不足，宰相曾公亮等疏请皇帝郊祀时，取消赏赐大臣金帛的常例，宋神宗诏令学士院议决。司马光说： “救灾节用，就应当自贵近之臣始，曾公亮的意见可以采纳”。王安石说： “唐朝的时候，宰相常衮辞退政事堂的宴馔，当时人们认为常衮若自知无能，就应当辞位而不当辞禄。况且国用不足，并非当今急务，其所以不足，是因为没有得到善理财者所致”。司马光说： “所谓善理财者，不过是善于头会箕敛罢了”。王安石说： “不对，真正善理财者，能够做到不增加赋税而使国用富足”。司马光大不以为然： “天下岂有此理?天地所生的财货百物，都是有一定数量的，它要么在百姓手中，要么归官府所有，那种变幻手法夺民之财的理财之道，其危害更甚于加赋。不加赋而国用足，这大概是桑弘羊欺骗汉武帝的话，司马迁记载下来，正是为了讥讽汉武帝的”。二人争执不已。恰好由王安石起草制词，便引用常衮的典故驳回了曾公亮的奏疏。
以上两件事，可以使我们看清司马光和王安石政治见解的根本分歧之所在： 王安石主张以法治国，司马光则强调传统的 “仁政”思想。如他在仁、英、神三朝，每朝都郑重其事地进献“六言”： 仁、明、武、官人、信赏、必罚。并说前三言是修心之要，后三言是治国之要，“六言”乃是自己平生力学的全部心得的结晶。
所以，在处理阿云案件时，王安石坚持依法减刑，司马光要求视情定罪。在解决国家财政困难的手段问题上，王安石主张“开源”，通过发展生产和抑制豪强，即调整社会财富在社会各阶级之间的分配，达到不增加赋税而财政充足的目的; 司马光则主张“节流”，用节省冗费的办法减少开支，缓解财政困难。司马光一方面认为冗费是后世的奢靡造成的，只要恢复太祖、太宗开国时的俭约政策，冗费就可以得到节度; 另一方面他认识不到财政困难从根本上讲是由于豪强地主千方百计规避赋税的结果，虽然他也同情贫苦农民的悲惨境遇，却往往不加分析地把豪强地主和贫苦农民混同在一起，一概称之曰 “民”，从而认为不加赋而增加的国用，只能是设法强取于 “民”。因此，在理财方法上，王安石属于积极的治本，改弦更张，创立新制; 而司马光却是消极的治标，循祖宗旧规，稍加补苴、变通而已。
宋神宗渴望实现富国强兵，王安石的改革主张赢得了他的极大赞赏。熙宁二年(1069)遂拜王安石为参知政事，同时设立“制置三司条例司”作为变法的指导机构，由吕惠卿主管其事。次年又拜王安石和韩维为宰相，相继颁行了均输、青苗、免役、市易等项新法，很快把酝酿日久的改革推向了一个高潮。
随着改革的深入，司马光反对变法的态度愈益明朗，与变法派的冲突也愈演愈烈。经筵上的一场争论就是司马光对整个变法的全面挑战。
有一次，司马光在迩英殿给宋神宗讲读经史的时候，讲到了汉朝曹参因袭前相萧何之法不变的事。宋神宗问： “假若汉朝一直沿用萧何之法不加改变，可以吗?”司马光回答： “岂只是汉朝呢?假使夏、商、周三代之君能常守禹、汤、文、武之法，那么禹、汤、文、武之法即使到了今天也是可以沿用的。汉武帝变更高祖之法，致使盗贼半天下; 汉元帝改变宣帝之政，致使汉业衰落。由此言之，祖宗之法是不可改变的”。
太子中允、崇政殿说书吕惠卿当场针锋相对地驳斥了司马光的话： “先王之法，有一年一变者，所谓‘正月始和，布法象魏’① 就是这种情况; 有五年一变者，所谓‘巡守考制度’便是; 还有三十年一变者，即‘刑罚世轻世重’。司马光的话不对，其本意是在讥讽朝廷”。
宋神宗问司马光： “惠卿所言怎样?”
司马光说： “所谓布法象魏，是公布旧有的法令。诸侯有改变礼乐制度者，天子巡守，发现则诛之，天子自己则不做变动。初创之国施行刑法用轻典，动乱之世施行刑法用重典，这就是所谓的世轻世重，并非指改变刑法。治天下就象治居室一样，破坏则应修理，不坏到不能居住时，不重新改建。公卿侍从都在这里，陛下不妨问问他们。三司使掌天下财政，若不具备才能可以罢免，但不能使执政大臣侵其权限。现在设置三司条例司，是为什么呢?宰相以道辅君，何必用条例?若按条例办事，宰相岂不成下级胥吏了吗?现在设置看详中书条例司，又是为什么呢?”
吕惠卿说： “你身为皇帝侍从，为什么不早说呢?皇帝不听你的，你为什么还赖着不走呢?”
司马光顿时变了脸色。宋神宗一看气氛不对，忙调解说： “相互争论是非罢了，何至如此”。争论的话题又转到了新近实行的青苗法上。
司马光说： “平民百姓放贷取息，尚且能蚕食下户，何况官府还握有政权呢?”
吕惠卿说： “青苗法是愿借则借，不愿借并不勉强。”
司马光说： “愚民百姓只知借债之利，而不知还债之害，不仅官府不用强迫人借，富户也不会强逼人借的。过去太宗平河东，立和籴法，当时每斗米十钱，百姓乐于与官府交易。后来物价上涨而官府籴价不变，遂成河东百姓之害。臣担心青苗法今后也会如此。”
青苗法的实施遭到了豪强兼并势力的强烈反对，从而掀起了变法斗争的第一个浪潮，朝臣中除司马光外，苏辙、苏轼、富弼、范镇等皆言其不便，身在河北的前宰相韩琦也上疏请废其法。面对强烈的反对声浪，宋神宗推行变法的决心开始动摇。有一天，他单独留下司马光，说： “现在天下议论纷纷，正如孙叔敖所谓‘国家如此，众之所恶’。”司马光说： “对，但陛下当论其是非。现在条例司所为，只有王安石、韩绛和吕惠卿以为是，陛下岂能只与这三个人共治天下?”
韩琦上疏后，王安石鉴于宋神宗的动摇就称病不出，宋神宗又想废除青苗法，王安石就上书辞职。宋神宗命司马光草拟答诏，挽留王安石。但司马光在批答中却说新法实行后，“士夫沸腾，黎民骚动”，这种话等于全盘否定了王安石的改革业绩，不但不是挽留，简直成了要赶他下台。王安石抗章自辩，宋神宗省悟过来，忙亲自写手诏，向王安石赔情。
事实上，王安石的变法也好，司马光的反变法也好，其出发点都是为了维护和巩固北宋王朝的统治，他们都在为封建国家效忠，在这一点上，两人都毫无本质的区别。他们的分歧只是在同一目标下的不同统治方法的分歧，是地主阶级内部两种不同政见的斗争。对此他们两人都有比较明确的认识，也彼此都不讳言。司马光说： “光与王介甫趣向虽殊，大归则同”。王安石也说，他与司马光议事不合，只是由于所操之术有异的缘故。然而，政见的不同常常会引起政治派别的分野。
这时的王安石和司马光已经从政见的分歧发展成了完全对立的政敌，王安石是变法派的领袖，而司马光则俨然成了反对派的明星。
作为最高统治者的宋神宗，为了稳定朝廷政局，从自己的统治利益着眼，不想失去反对派对自己的支持，便试图调和两派的关系。他曾欲重用司马光，但在征求王安石的意见时，王安石说： “司马光表面上是与陛下切磋问题，其实内怀讨好流俗之意。他所言尽是害政之言，交往者尽是害政之人。而陛下欲把他安置在身边，使其参预国事，这关系着推行新法的成败。司马光本人的才能岂能危害政事，但他若居高位，则反对变法者将倚以为重。韩信树起汉朝赤帜，赵国士卒为之气馁，现在用司马光，无疑是在给反对派树立大旗”。
王安石对司马光在反对派中所处地位的评价是十分正确的。当王安石称病家居，宋神宗想任命司马光为枢密副使时，按反对派成员范镇的说法，竟是“士大夫交口相庆，场市小民，莫不欢喜”。韩琦甚至派专人送来书信，勉励司马光利用皇上的倚重，有所作为。
对于枢密副使的任命，司马光却上疏推辞： “陛下之所以用臣，大概是知臣狂直，或能有补于国家。陛下若仅是把官职作为荣誉，而不用臣言，是私自把朝廷官职送给不称职的人。臣若以官职为荣，而不能救生民之患，则是盗窃国家名器以为私利。陛下确能废除制置三司条例司，追回派出去的提举官，罢除青苗、助役等法，即使不用臣，臣亦感受赐良多。现在论青苗法之害者，不过是说朝廷骚扰州县，为今日之祸。而臣所担心的，是在十年之外，并非今日。百姓的贫富，是因勤惰不同，惰者常贫，故必须依赖别人。现在出钱贷给百姓收其利息，富人不愿贷，而使者以多放贷款为功，必然一律强制摊派。为防止逃债，必令贫富相互担保。贫者无法偿债，则会逃往他乡; 富者不能离乡，必被迫代偿数家之债。年复一年，这种情况会越来越严重，结果是贫者逃尽，富者也变成了贫者。十年之外，天下将没有百姓。今又散尽常平仓的钱粮，专行青苗法，若以后欲恢复常平仓，将到何处收取钱粮?富者已尽，常平仓又废，加上战乱和灾荒，老弱百姓必将死无葬身之地，而壮者必聚以为盗贼，这是事情发展的必然结果”。在这道奏疏中，司马光十分明白地道出了他反对变法的理由： 一方面，他否认农民的贫困是地主阶级和封建国家压榨剥削所造成的，认定贫富差别是勤惰的结果，因而他反对旨在通过抑制豪强兼并势力、调节社会财富的阶级分配以缓解财政危机的青苗法等新法; 另一方面，他否认青苗法、免役法等能够在一定程度上减轻农民负担这一事实，认定新法只会导致农民更加贫困，因而他反对旨在通过减轻农民负担、缓和阶级矛盾以发展社会经济的新法。
司马光的辞职奏疏连续上了七八次，在王安石复出视事后，终于得到了宋神宗的准许，但他要求废除新法的建议却被宋神宗搁置一边。于是，司马光又以老朋友的身份连写三信给王安石，把变法说成是冒天下之大不韪的倒行逆施。王安石回复著名的《答司马谏议书》，对司马光的批评逐条加以驳斥。
司马光见自己在朝廷之上已不可能有所作为，便坚请离京外任。熙宁三年(1070)九月，他以观明殿学士之职出知永兴军 (今陕西西安)。
到长安不到半年，司马光又因好友范镇反对变法被强迫致仕，而愤然请求判西京(今河南洛阳)留司御史台。决心就此远离政务，当个闲官，埋头著书立说。
五
司马光自幼就对历史有着浓厚的兴趣，而且这种兴趣随着年龄的增长、阅历的加深而愈变得自觉、坚定。做官后视政之余，他用了很多精力研究历史，写作史论史评文章，他自己就曾作诗说： “结发读经史，疲精非一朝”。
长期的历史研究，使司马光充分体会到了历史学的重要性，认为人君要治国安邦，要巩固封建统治，不可不学习历史，不能不认真汲取历代兴衰治乱的经验教训。同时他又觉着自《春秋》以后，历代史籍卷帙浩繁，一个人穷其毕生精力，亦难以举其大端，遂萌生了网罗众家之说，编一部简明扼要的通史和提供治国经验的教科书的念头。
司马光从嘉祐年间开始修《历年图》一书，把周威烈王二十三年(前403)至后周世宗显德六年(959)，共1362年间的治乱兴衰之迹，举其大要，分为5卷，于治平元年修成，为后来的《资治通鉴》奠定了雏形。此后，司马光又用近两年的时间，以《史记》为主，兼采他书，略仿《左传》的体例，编成《周纪》6卷、《秦纪》3卷，取名《通志》，于治平三年 (1066)进献给宋英宗。宋英宗阅后大为赞赏，诏令在秘阁专门设立书局，可自择属官，鼓励他继续编下去。宋神宗对此书也非常重视，认为它“鉴于往事，有资于治道”，赐名为《资治通鉴》，并亲自撰写了序文。
在司马光为首的书局中，荟萃了几位当时第一流的史学家。其中，刘攽是两汉史专家，刘恕既是通才又专攻魏晋南北朝史，范祖禹则专攻唐史，另有司马光之子司马康负责检阅文字。这几个人都学识博赡，功底扎实，擅长文辞，又都具有相同的政治观点，和司马光一样反对新法。这既充分保证了《资治通鉴》一书高度的学术水平和历史价值，也有利于编纂工作的顺利进行。
司马光设计的《资治通鉴》的编纂程序大致是： 第一步先由各位协作者分工作丛目，即按时间顺序排列起来的全部资料索引。如范祖禹所作的《唐纪》丛目的具体方法，是用编年体的《唐实录》作底本，编出事目，再把新、旧《唐书》的纪、志、传补录进去，然后把诸家传记、小说、笔记、文集中的有关史料，按年月日记于事目之下。第二步是修长编，也就是草稿，其办法是按照丛目中所标事目的附注翻检出全部史料，经过初步的分析鉴别，考证异同，去伪存真后编辑在一起。其原则是宁失于繁，毋失于略。第三步由司马光在长编的基础上，删繁削冗，修饰润色，总其大成，勒定成书。司马光制定的这种三个步骤的修书方法和原则非常科学，是他对历史编纂学的杰出贡献，至今仍对我们的史学研究具有极大的借鉴意义。
由于政务纷繁，从治平三年(1066)设立书局，到熙宁四年 (1071)司马光退居洛阳，修书进展缓慢，只完成两汉到曹魏的 70卷，不足全书的四分之一，却耗费了近五年的时间。
到洛阳后，朝廷允许把书局迁到洛阳，所有参与者都保证给予优厚的俸禄，不再委任实职，宋神宗还把自己藩邸中收藏的2400余卷图书赐给他们。隐居式的生活给司马光提供了充足的时间，安静的环境和优裕的条件。从此直到元丰八年 (1085)这长达15年的时间里，司马光几乎闭口不言时政，把全部的心血和时光全部倾注到了编修《资治通鉴》上。
司马光在洛阳的尊贤坊北买了20亩土地，辟为园林，取名“独乐园”，意为独自逍遥，自得其乐。独乐园依山傍水、鸟语花香、景色秀丽、清雅幽静。在这个“闲中有富贵，迥与俗尘殊”的优裕环境中，司马光除偶尔会客外，便是独处书室，闭门写作。
在此之前，《通鉴》各部分的长编已由刘攽、刘恕、范祖禹等主要助手基本编纂完毕，司马光现在的主要工作就是把长编删削定稿。这绝非勾勾抹抹、一蹴而就的轻巧事，而是要经过一个去粗取精、去伪存真的艰苦过程。需要把庞杂的长编删繁就简，把牴牾的资料铨订考异，把风格各异的文字熔铸一体，把粗糙的字句锤炼润色。也就是说，需要把长编中所网罗的历代史家、文人以不同的观点、文风书写的史料加工成一家之言。长编的部头，可谓汗牛充栋，司马光死后，人们在洛阳发现仅长编的残稿就塞了满满两间屋子，处理这些文字的工程量之大，由此可见一斑。其中仅范祖禹编出的唐代长编就达六七百卷，司马光先后花了五年的心血，才最后凝炼成81卷。
为了保证进度，司马光给自己规定了严格的定额。比如处理唐长编时，规定每三天必须删完一卷。在15年的时间里，司马光午夜而眠，五更便起，天天如此。
经过夜以继日的艰苦努力，元丰七年(1084)，彪炳千古的编年体巨著《资治通鉴》终于完全修成，它上起周威烈王二十三年(前403)，下迄后周世宗显德六年(959)，记载了1362年的历史，共294卷。同时，司马光还就选择修入《通鉴》中的歧异史料的理由，对各种异说的辨证和存疑等编成《通鉴考异》30卷。为了便于检寻，他还把《通鉴》每年涉及的重大事情标目列举，作成《通鉴目录》30卷。
这时司马光已经66岁，修书使他累得骸骨癯瘁，眼睛昏花近视，牙齿几乎掉光了，记忆力严重衰耗，往往刚做完的事，转眼就忘。宋神宗为表彰他的修书之功，加封他为资政殿学士。
六
正当司马光在洛阳埋头著书的时候，朝廷政局发生了一些微妙的变化。熙宁九年(1076)王安石被罢相后，变法在宋神宗的主持下虽然继续推行，但由于迫于豪强地主的压力和筹划对西夏战争的需要，抑制兼并的内容减少了，赋税的征收增加了，致使元丰之政多异于熙宁。与此同时，反变法派的力量也在逐渐壮大，他们虽一度被贬罢出朝，但无时无刻不在等待时机，以便东山再起。
元丰八年(1085)三月，宋神宗病逝，不满10岁的宋哲宗继位，太皇太后高氏垂帘听政。由于高太后向来反对变法，她的执政也就成了反变法派卷土重来的天赐良机。
当时反变法派之中声望最高者首推司马光。尽管对司马光的政治才干，统治集团中的许多人评价并不高，韩琦曾称司马光“才偏规模浅”; 苏辙说他才智不足; 大理学家程颢也说司马光如同人参、甘草，在疾病不重时还可使用，一旦病情严重就不中用了; 变法派官员章惇甚至直斥之为村夫子、乡巴佬。但由于司马光先前对变法的强烈反对和巨大的学术成就以及不太争夺官职和比较朴素诚实的为人作风，使反变法派和一大批对变法不满的人对他寄予了极大的期望。
三月十七日，司马光进京奔宋神宗之丧，京城卫士望见他，都以手加额说： “这就是司马相公。”所至之处，百姓拦道聚观，致使坐骑无法行进，有人吵嚷着说： “公不要再回洛阳，留下辅佐天子，存活百姓吧!”他去宰相家里拜访，不少人登上楼台，爬上屋顶窥望，宰相的家人出来制止，他们说： “我们不是看你的，是想一睹司马相公的风采!”撵也撵不走，以至房上的瓦都踩碎了，树枝也折断了。苏轼在一首诗中写的“儿童诵君实，走卒知司马”，就是对司马光当时之饱享盛名的真实渲染。
高太后想召见司马光，但听说他已返回洛阳，懊悔不已，随即派内供奉官梁惟简赶赴洛阳劳问，称赞他历事数朝，忠亮卓著，并询问治国应先从何处入手。很快又下诏起用司马光知陈州，派专车接他进京入见。司马光五月二十三日到达京师，高太后忙派内官与之议事，三天后诏封司马光为门下侍郎。
司马光接连三次上《乞开言路札子》，对当时求谏诏书中的六条禁令逐一批驳，要求首先从思想舆论上实行“开放”。于是朝廷内外，上书言事者数以千计，到九月间，光是所谓的农民所上奏疏即达150道之多。以往因反对变法被贬到各地的刘挚、范纯仁、王岩叟、苏轼、苏辙、吕公著、文彦博等也陆续被召回朝廷委以要职。
舆论和组织一准备充分，推翻新法的工作随即提上议程。司马光以旧有的保守偏颇的思想方法，再加上老年人常有的固执，对新法进行了全盘否定。他首先把变法的责任完全推给王安石，说： “王安石不达政体，专用私见，变乱旧章，贻误先帝”。接着说新法“名为爱民，其实害民; 名为益国，其实伤国”。他把新法比之致命的毒药，要求立即采取措施，全部更张。针对开封府推官张商英提出的“三年不改父亲所行之道，才称得上孝”的口号，司马光说： “先帝之法，其善者即使历经百世亦不可更改，但如王安石、吕惠卿所定之法，为害天下，改变它应比救水火之患还要急，何况太皇太后是以母改子，而不是子改父道”。
于是司马光打着“以母改子”的旗号，在高太后的支持下，开始大肆废黜新法。到十二月间，保甲法、方田均税法、市易法、免行法、保马法等皆相继被废。
这时候，司马光已经生病了，衰弱不堪，连上朝时都无力行朝拜礼。绍圣元年(1086)正月，司马光病情加重，只得请假在家休养。然而，他看到新法中的免役法、青苗法和将兵法还没有废除，与西夏的和战问题也没有解决，焦虑万分，无限伤感地叹息说： “四害未除，我死不瞑目啊!”他给吕公著写信说： “我自患病以来，把身体交给医生，把家事交给儿子，惟独国事未有交待，现在只好托付给你了”。切望吕公著能助他完成宿愿。同时上表请求辞位。但高太后同样不甘心在除新法未尽之时失去这位能干的爱臣，不仅不允许他辞位，反而在闰二月初一日，下诏拜他为尚书左仆射兼门下侍郎。
司马光当了宰相，病情竟奇迹般地有了好转。高太后考虑到他的身体状况，特免他入朝觐见，让他坐了轿子，三天一次到都堂议事。他却说： “不见到皇上，不可以视事”。每天坚持让儿子司马康搀扶着上殿奏事，同时更加紧了废除新法的步伐。
正如王安石等人实行新法遭到了反变法派的强烈反对一样，司马光在废除新法的过程中也受到了变法派的坚决抵制。
司马光对新法是那样的痛恨，对变法派是那样的厌恶，浓厚的主观色彩和顽固的偏执作风，使他在处理新法和变法派的问题上完全走上了极端化、绝对化、轻率化的道路： 他用一个人就说这个人是熙丰年间被贬的，贬一个人就说这个人是熙丰年间受重用的; 兴一种法就说这个法是熙丰年间被革除的，革除一种法就说这种法是熙丰年间所兴的。如此等等。
司马光的这种走极端的做法，不仅原先变法派中的人物极力反对，就连原来反对变法的人也很不赞同。如范纯仁早就对司马光说，对新法只须除去其最过份者就可以了，而且废除时还要慢慢来，不能操之过急，做得过火。吕公著也认为对新法主要是纠正其弊害之处，不一定全面废除，比如保甲法，就可以稍加变通只令百姓冬季农闲时教习。但这些正确的忠告司马光根本听不进去。随着司马光在倒行逆施的道路上越走越远，不可避免地围绕免役法的存废问题与章惇、苏轼等人爆发了激烈的斗争。
还在元祐元年(1081)正月时，司马光就抱病上奏章请求废除免役法、恢复差役法。反变法派中的不少人对此很不赞同。范镇的侄子范百禄对司马光说，熙宁年间他担任咸平(今河南通许)知县时，实行免役法民皆欣喜欢迎，可见是顺应民意的一项进步措施，现在只须减免部分助役钱以宽民力就可以了; 王岩叟主张差役免役两法参用; 苏轼则列举了免役法的五大利; 范纯仁也多次劝告司马光慎重些。司马光却不予理睬，又上了第二道札子坚持前议。司马光说尽了免役法的坏处，却不料这两道奏章竟自相矛盾起来。他既说免役法使上等户年年出钱助役，无有休息，对上户极为不利; 又说免役钱虽使下户困苦，但对上等户尤为方便。这种自相矛盾的漏洞立刻被变法派首领知枢密院事章惇抓住，对此进行了有力的批驳。司马光恼羞成怒，上朝时与章惇面对面争执起来。章惇自恃有理，对司马光冷嘲热讽，大加挖苦，甚至说将来我岂能陪着你挨刀吃剑! 高太后站在司马光一边，随即部署台谏把章惇弹劾出朝。
接着，司马光又和中书舍人苏轼争论起来。苏轼说： “免役、差役，各有利弊。免役之害，在于苛剥百姓之财，使财富聚集于官府而民间有钱荒之患。差役之害，在于使百姓经常到官府服役，不能专心力农，而贪官污吏借此为奸。两害相较，轻重大体相当”。
司马光问： “君意如何?”
苏轼回答： “法令保持一贯则事情容易成功，事物逐渐改变则百姓不感惊慌。三代之法是兵农合一，后来逐渐兵农分开，民不知兵，兵不知农，民出钱粮养兵，兵征战以卫民，天下皆以为便。即使圣人复生，也不能改变此制。现在的免役法与此类似。公突然废除免役法而实行差役法，正如废除募兵制而恢复兵农合一，大概不太容易。”
司马光很不以为然。过了几天，苏轼又把这种意见在政事堂上公开提出，司马光听了非常恼火。
苏轼也不客气： “过去韩魏公(琦)刺陕西义勇，你做谏官，极力反对，韩公不乐，你也不顾。我曾几次听你说起此事，难道你今天做了宰相，反而不许我把话说完吗?!”司马光尴尬地笑了笑，向苏轼致歉。
但司马光还是一意孤行，限期五天之内尽废免役法，恢复了差役法。气得苏轼连声大骂： “司马牛! 司马牛! ”司马牛是孔子的一个学生，苏轼用此痛骂司马光像头犟牛一样顽固透顶。
随后，青苗法也被正式废除，又卑辞请和，把安疆、葭芦、浮图和米脂四寨割给西夏，以求苟安。
至此，司马光在入朝执政仅一年多的时间，就把宋神宗时期实行达16年之久的新法几乎完全废除了。司马光也终于祛除了他十几年来郁积胸中的一块巨大心病，代表他所在的政治派别造成了一次历史逆转。
然而司马光也为废除新法耗尽了他的最后一缕生命之火。他不顾自己年迈力衰病体难支，不分昼夜地亲自过问朝政庶务，很快变得越来越瘦弱。有人劝他以诸葛亮食少事繁而伤身的例子为戒，他却说： “死生之事，是命中注定的”。更加埋头苦干。八月间，他病情复发，脚底肿得不能走路，仍坐着轿子去找吕公著商议改都省的事。直到弥留之际，口中喃喃呓语的仍是朝廷天下之事。
绍圣元年(1094)九月一日，司马光病逝，享年68年，赠太师、温国公，谥号“文正”。
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