野生土元在自然条件下生命力很强，抗御病害和避开虫害的能力较强，另一方面分散栖居，即使有个别受到病原体的侵害生病死亡，也不会危及全群。但在高密度饲养条件下，因为活动范围缩小、生长迅速快等特点，病虫害更容易在群体中流行，因此对土元病、虫害防治是关系到生产成败的关键环节。
在土元投放饲养池以前，对饲养室、饲养池、各种设备、用具有必要进行一次全面的消毒和卫生处理，这是减少土元病、虫害的重要环节。
1. 消毒处理 饲养室内过于潮湿、空气污浊、不清洁、不卫生，常常使病原微生物繁衍，使饲养室更恶化，如果不事先处理好就投放土元种，会引起大量死亡，使生产遭到严重损失。饲养室、饲养池的消毒可采用三种措施，即通风、日光照射和化学药物消毒。
(1) 通风换气： 通风换气本身并不能杀死病原微生物，但是却能使室内的空气中病原微生物变得稀少，降低发病率。在没有进行控温饲养以前或春、夏、秋室外气温偏高的情况下，每天可打开门窗，加大通风量，在半小时内就可以净化空气。在冬季每天中午室外气温相对偏高时，可以把室内温度提高3℃左右，打开窗户通风半小时或用排风扇换气半小时，待到室内温度降到所控制的温度或略偏低时停止换气，即在不影响室内温度的情况下，每天进行通风换气。
(2) 日光照射： 日光中的紫外线能杀灭细菌，具有很好的消毒作用。有些能移动的饲养设备和用具，经常拿到日光下曝晒，可以起到消毒作用。
(3) 化学药品消毒： 化学药品消毒剂常用的有漂白粉、福尔马林(40%的甲醛)、来苏儿、新洁而灭、石灰、铜制剂，目前用于空间消毒的有百毒杀、菌技杀等。
空间消毒： 每立方米空间用1%的漂白粉10～30毫升，对空间消毒; 还可用百毒杀、菌技杀按说明书用量配制溶液，用于空间消毒比较安全。
地面、墙壁和饲养池消毒： 10%～20%的石灰乳可用于涂刷饲养室墙壁和饲养池进行消毒; 1%～2%的福尔马林溶液可以对墙壁、屋顶、池壁进行喷雾消毒; 用3%～4%来苏儿溶液对地面、墙壁、饲养池进行消毒; 用1%新洁而灭对池壁喷洒消毒，干燥后即可投入使用。
用具消毒： 铜制剂消毒饲养用具效果较好。0.1%～ 0.2%硫酸铜或氯化铜可消灭真菌，0.01%的硫酸铜或氯化铜溶液可以对用具上的细菌进行消毒，0.1%～0.2%的高锰酸钾溶液可以对用具浸泡消毒。
2.灭虫处理 危害土元的有害虫类很多，常常在室内生存的有蚂蚁、蜘蛛、鼠妇、蟑螂、螨虫等。饲养室和饲养池在使用以前都必须进行消毒。即从源头上消灭害虫、净化饲养环境。其方法有两种：
(1) 药物喷雾灭虫： 选择喷雾杀虫药时，应选择残效期短的药物，如敌敌畏、三氯杀螨醇和杀螨脒等。80%的敌敌畏乳油稀释1000倍，对墙壁、地面、屋顶、饲养池全面喷洒，可以杀灭所有害虫。喷洒操作时要特别注意角落和一些缝隙，喷洒后关好门、窗，3天后打开门窗换气，然后使用; 对蜘蛛和螨类，可使用三氯杀螨醇，即40%的三氯杀螨醇乳油稀释1000倍进行全面喷雾，关好门窗，3天后开窗通风换气，气味散尽方可使用。
(2) 熏蒸杀虫： 熏蒸灭虫效果最好、最彻底，墙角、缝隙烟雾都能熏到。使用熏蒸灭虫时要做好以下几方面的工作： 杀虫空间密封效果要好，要做好防止周围人群和家畜家禽中毒的工作。
磷化氢气体熏蒸： 可用磷化铝片，每立方米空间3～4 片，密闭3天，3天后打开门、窗通风换气，过5～6天残留毒气就可以散尽，这时方可投入使用。磷化氢气体有毒，使用时必须注意安全。磷化氢气体有咸鱼味或大蒜气味，开门窗散气5～6天后，可以用嗅觉检查有无余气，如还有这样的气味，暂时还不能使用，再散几天气后再使用，防止中毒。
用80%的敌敌畏乳油熏蒸： 把80%的敌敌畏乳油按每立方米空间0.26克，用布条浸蘸药液，挂在饲养室内，密闭饲养室2天后通风散气，3～5天后若无敌敌畏气味方可投入使用。
使用氯化苦杀虫： 氯化苦具有杀虫、杀菌、杀鼠等作用，一般在20℃以上的温度时使用，温度愈高效果愈好。饲养室按每立方米空间20～30毫克用药。氯化苦对害虫的杀伤作用缓慢，一般饲养室密封要4～5天才能打开门、窗放气。由于氯化苦对物体吸附力较强，所以通风散气时间也应长一些，一般散气15天左右。氯化苦对动物和人均有非常强的毒性，对人还有催泪作用。每升空气中含0.016毫克氯化苦对人就有催泪作用; 每升空气含0.125毫克氯化苦，就能引起人的咳嗽、呕吐，30～60分钟则可死亡; 若每升空气中含0.2毫克氯化苦，10分钟就能引起人的死亡。
所以使用氯化苦要注意以下几方面的问题： 使用时要注意安全，避免操作人员不慎吸入; 饲养室要密闭，提高熏蒸效果; 散气要彻底，要缓慢进行，白天不方便时可在晚上人少时进行; 放气完毕进人之前，人先站在门口附近，感觉有无残留气体，如果人感到流泪，应继续放气; 氯化苦气体比空气重的多，扩散速度不快，因此要在高处均匀施药。饲养室四角应增加药量或在施药前在室内放台电风扇，在操作后开动电风扇使室内空气流动，效果更好。
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