八旗制度最大的历史遗产，是在满族和旗人之间出现的身份同一或混淆。
对于“旗人”与满族的关系，如柯娇燕所说，“整个清朝‘旗人’与 ‘满人’的含义始终纠缠不清地混在一起。”①刘小萌认为后世的满族大多是指旗人，而并不单单是满洲一族②。王钟翰认为旗人在清朝就是满族的代号③，但“八旗蒙古”一贯保持了自己的民族特点，而“汉军八旗”中一些人已经 “满化”，与满族成员融为一体，但还有一部分始终保持了汉人的身份，不能被视为满族④。而在路康乐看来，“旗人一直缺乏种族、语言和文化的同一性”⑤，那不过是一种当兵的职业。
纵观八旗制度的历史，从体质人类学的意义上说，清朝旗人作为一个特殊的社会群体，并非属于同一个种族。从八旗制度创立时开始，八旗子弟就是由不同民族共同组成的，除了满族、蒙古族和汉族外，还有鄂温克、达斡尔、锡伯、朝鲜及一些维吾尔、俄罗斯族人等。但从文化人类学的眼光来看，八旗子弟不管来自哪里，都共同聚合在后金(清) 的政权统治及八旗制度之下，全面接受满洲文化，擅“国语骑射”，征战迁移，内部通婚，成为满族共同体的一员。
根据欧立德的分析⑥，自八旗创立到乾隆年间，八旗制度不仅是清朝的一种“法律化”的最基本的社会制度，而且清廷通过身份标签和规定生活方式的做法，使八旗制度成为满族民族性的主要标志。因此，八旗制度是一种类似印度种姓制度的社会等级制度，其后果是，即使满族不再讲满语，不再精于“国语骑射”，他们也仍然认同自己的满族身份。
上述这些分析都揭示出满族的民族认同与八旗制度的深刻联系。按照清朝八旗制度的安排，“旗人”按旗籍享受国家提供的各种待遇，因而成为 “社会上等人”。显然，在这种制度安排之下，“满人”和“旗人”的民族认同都成为了清帝国国家政权的一种附属品，这在一定程度上掩盖了民族认同的内生性特征，而使其主要成为一种外在的被给予的身份符号。由于这种身份符号具有显著的社会功能，当时的大清臣民工具性地利用民族优惠政策一样，利用这种身份符号。这也可以用现代族群理论中的资源竞争理论予以解释——当“旗人”身份能够为社会成员提供某种社会竞争的资源或优势的时候，这个身份符号就会被认同;反之则可能不认同。
但历史上的满族身份不仅是一个民族认同问题，同时也是一个政治问题。满族可以说是一个“因政治而生”的民族，塑造出满族这个民族共同体的真正力量来自政治。无论是努尔哈赤以建州女真为中心，以军事征服为主要手段的对女真各部的统一(这种统一以政治手段消灭了一些女真内部次群体之间的差异性)，还是乾隆将汉军八旗“清理出”旗人群体的举措，在历史上规定满族这个民族与其他群体边界的，主要是由皇权所代表的政治力量，而非满人或旗人群体内部的选择。但依靠政治力量规定的民族特性，对这种力量的依赖就很强烈，一旦失去政权的政治性依托，这种民族特性就可能迅速变形、减弱甚至消失不见。满族的历史就鲜明地证明了这一点。
同时，任何形式的身份认同存在久了，就会发生某种形式的变异。笔者在对今日东北的一个满族传统社区居民的调查中发现，一些汉军旗人的后裔，实际上保持着比满族旗人后裔更强烈的满族身份认同。当然，当下的案例无法用来直接推导历史问题，但我们或许可以想象，乾隆年间出旗为民的汉军旗人中，又会有多少人认同自己是旗人或满人，而不是当时他们不得不去成为的汉人。
总而言之，如何分辨满族和旗人，在八旗制度消失之后，一直是，也可能永远是一个充满争论的话题。
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