从十一世纪中叶起，由于西欧封建割据与混战的局面十分严重，有统一组织的教会在经济、政治上相对强大起来。同时，许多人希望借助教会力量维持和平安定，希望教会革除积弊，变得更为强大。教皇的权势趋于顶峰。教皇权势的兴起是借助于克吕尼修道院的改革派的力量。改革派以法国克吕尼修道院为中心，在全西欧发起了一个广泛的运动，重振日益败坏的教会道德，反对俗人控制神权，反对教会神职买卖。该运动大大提高了教会以及教皇的威望。克吕尼修道院以它雄厚的经济力量支持教皇，击败了意大利世俗诸侯，占据了教皇宝座。在1049年，第一位德籍克吕尼改革派教皇利奥九世上台。他的出现预示着教皇世俗权力的发展进入了一个新的时期。
教皇利奥九世首先整顿罗马教会的领导机构，使之成为管理教皇宗教和世俗权力的“罗马教廷”。该教廷是在罗马教会主教公署基础上发展起来的，由主教公署原先的收发机要员和书记员组成专署，称“宗座文书局”，办理对世俗君王来往公函。“宗座财政局”也建立起来，主管教皇本人及教皇领土的财政事务。当时教廷最重要的一个机构是“枢密院”，它是由罗马教会高级神职人员——枢机主教组成。统辖教廷政教事务方针，教皇从西欧各地聘请热心改革的教会人士担任枢机主教。
克吕尼改革派教皇尼古拉二世(1058—1061年)在1059年制定了教皇选举法：教皇由枢密院枢机主教以2/3以上多数票选出。这就排除了世俗权贵的干预，教皇得以在政治上获得独立。
接着，改革派教皇们积极恢复和扩大世俗领土。他们广泛地派出钦差大臣——“教皇钦使”到意大利各地去，压服各地主教和诸侯服从教皇，指派教皇钦使主持各地政教事务。
1059年，教皇尼古拉二世还与意大利南部的诺曼人达成协议，迫使意大利人归还在南意大利的教会财产和一些领地。诺曼人答应每年向教皇缴纳贡金，承担保卫教皇领土和教皇本人的职责。
十二世纪以后，罗马教会发展成西欧神权统治的国际中心，教皇的权势发展到最高峰，教皇国最终以独立的、体态完备的国家出现了。
教皇英诺森三世于1198年上台。他极力驱除德国在意大利的势力，首先是掌握西西里的控制权。他的成功是借助于意大利人民的反德情绪。
西西里原属诺曼人国王统治。1194年德皇亨利六世通过他的妻室是诺曼国公主的关系，在西西里称王，施行残暴的统治，激起西西里人民的反抗。德皇亨利六世还无视教皇的领土主权，擅自将安科纳、拉温那公爵领地和罗马尼阿交给其心腹管辖。教皇英诺森三世上台前一年，德皇亨利六世去世，德国境内皇位争夺激烈，亨利六世的遗孀带着其子腓特烈二世(1194—1250年)在西西里躲避。腓特烈二世虽是西西里国王，此时还是个婴孩。教皇要求作西西里国王冲龄时代的监护人和保护人，得到皇太后的同意。教皇趁机行使西西里的摄政权。但这一举动引起亨利六世心腹的不满，举兵攻打西西里。教皇耗费了大量资财，组织军事力量，才打败了对手，控制了西西里，再次收回拉温那、安科纳以及罗马尼阿地区的主权。
教皇英诺森三世还利用教廷自制的地图到处索回教皇的领土。当时罗马教廷中流行着多种教皇领土的地图，标明丕平和查理曼赠送的城镇地域。这些地图实际上是前任教皇们随意绘制，任意扩大“赠礼”范围。英诺森三世就按照地图去行使主权，在他的势力尚未达到的地方，实行欺骗活动，如派出说客到托斯卡纳地区，宣称该地区自古以来就是教会的领地。与此同时，教皇还利用德国局势混乱，以及德国在意大利的领土出现无政府状态，趁机占领了梅迪奇纳、阿尔杰拉塔、蒙泰韦利奥和马革尔达的全部领地。教皇还把势力扩展到那不勒斯边境，和乌姆伯利亚与亚平宁山之间的富庶地区。
德国争夺皇位的两个家族也竞相讨好教皇。1198年，竞争的一方——霍亨斯陶芬家族的腓力普表示， 他愿意以“土地、城堡、钱财”的高昂代价，换取教皇为他加冕。教皇立刻派出钦使到菲力普处协商，在腓力普答应教皇的一切请求之后，钦使赦免了腓力普曾率军侵占教皇领土的罪过。同年9月8日，教皇承认他为皇帝，举行加冕仪式。竞争的另一方——布伦斯威克的威尔夫家族奥托，也于同年自行加冕为德皇。双方大动干戈。1209年10月，奥托最终获胜，教皇转而为他行加冕礼。奥托为获得这顶王冠，作出了许诺，并在天主面前发誓：确认教皇对西西里的统治权，承认教皇现在所拥有的领土为教皇国疆土。至此，教皇国最后确立。
1207年，教皇英诺森三世在意大利维特尔博城召开会议，制定了教皇国的统治模式，即教皇国由各个省分治，各省省长由教皇委任，由教会高级神职人员担任，俗人只能担任下属官职，或统率各省自己的军队。各省省长每年要向教皇缴纳贡金，并宣誓效忠。这种体制与当时西欧封建的君臣封授制是一致的。
教皇国的最高权力机构是罗马教廷，各省上诉案件最后由教皇或教皇指定的枢机主教审理， 在教廷中设立“教皇最高法庭”。教皇国以罗马为首都，以黄、白、绿三色旗为国旗，教皇为教皇国最高主宰。
教皇国在历史上存在一千年。它的存在确保了教皇行使神权的独立性。这是其它基督教会主教所不具有的条件。君士坦丁堡基督教会和罗马教会一样，在罗马帝国时代是由皇帝直接扶植的，它们是基督教界东、西两大中心。但是，君士坦丁堡教会始终掌握在世俗政权的手中，在中世纪它牢牢地受控于东罗马帝国。1054年东、西教会正式分裂成“正教会”、“天主教会”后，君士坦丁堡教会虽是正教会之首席，却不能出现类似罗马教廷政教合一的中央集权机构。而罗马教会通过教廷不断发展宗教势力，形成天主教的教皇体制。
教皇国的出现可以说是意大利人民的灾难。这种封建专制神权统治的国家，是顽固的封建制度的象征，成为反对革命、反对进步的堡垒。意大利的统一事业只能推迟到近代来完成。在十九世纪初至七十年代，意大利人民不断与教皇国专制统治作斗争，最后在1870年完成了统一事业，以军事力量攻破了罗马，教皇国居民全体投票，以99%以上票数宣告教皇国的灭亡。
教皇国灭亡后，意大利历史上又出现“罗马问题”，即教皇不承认意大利王国，宁可充当罗马教皇宫——梵蒂冈宫的“囚徒”。罗马教皇经过59年的抵抗后，宣告失败，于1929年2月正式与意大利王国签订条约，承认既成的政治地理现实。意大利王国政府考虑到历史上教皇国的事实，给教皇一个体面的下场：在罗马西北角梵蒂冈，让教皇独自成立一个国家，面积0.44平方公里。这就是今天的“梵蒂冈城国”。不管怎么说，教皇又有一小块地方用以保障神权的独立。
从十一世纪中叶起，由于西欧封建割据与混战的局面十分严重，有统一组织的教会在经济、政治上相对强大起来。同时，许多人希望借助教会力量维持和平安定，希望教会革除积弊，变得更为强大。教皇的权势趋于顶峰。教皇权势的兴起是借助于克吕尼修道院的改革派的力量。改革派以法国克吕尼修道院为中心，在全西欧发起了一个广泛的运动，重振日益败坏的教会道德，反对俗人控制神权，反对教会神职买卖。该运动大大提高了教会以及教皇的威望。克吕尼修道院以它雄厚的经济力量支持教皇，击败了意大利世俗诸侯，占据了教皇宝座。在1049年，第一位德籍克吕尼改革派教皇利奥九世上台。他的出现预示着教皇世俗权力的发展进入了一个新的时期。
教皇利奥九世首先整顿罗马教会的领导机构，使之成为管理教皇宗教和世俗权力的“罗马教廷”。该教廷是在罗马教会主教公署基础上发展起来的，由主教公署原先的收发机要员和书记员组成专署，称“宗座文书局”，办理对世俗君王来往公函。“宗座财政局”也建立起来，主管教皇本人及教皇领土的财政事务。当时教廷最重要的一个机构是“枢密院”，它是由罗马教会高级神职人员——枢机主教组成。统辖教廷政教事务方针，教皇从西欧各地聘请热心改革的教会人士担任枢机主教。
克吕尼改革派教皇尼古拉二世(1058—1061年)在1059年制定了教皇选举法：教皇由枢密院枢机主教以2/3以上多数票选出。这就排除了世俗权贵的干预，教皇得以在政治上获得独立。
接着，改革派教皇们积极恢复和扩大世俗领土。他们广泛地派出钦差大臣——“教皇钦使”到意大利各地去，压服各地主教和诸侯服从教皇，指派教皇钦使主持各地政教事务。
1059年，教皇尼古拉二世还与意大利南部的诺曼人达成协议，迫使意大利人归还在南意大利的教会财产和一些领地。诺曼人答应每年向教皇缴纳贡金，承担保卫教皇领土和教皇本人的职责。
十二世纪以后，罗马教会发展成西欧神权统治的国际中心，教皇的权势发展到最高峰，教皇国最终以独立的、体态完备的国家出现了。
教皇英诺森三世于1198年上台。他极力驱除德国在意大利的势力，首先是掌握西西里的控制权。他的成功是借助于意大利人民的反德情绪。
西西里原属诺曼人国王统治。1194年德皇亨利六世通过他的妻室是诺曼国公主的关系，在西西里称王，施行残暴的统治，激起西西里人民的反抗。德皇亨利六世还无视教皇的领土主权，擅自将安科纳、拉温那公爵领地和罗马尼阿交给其心腹管辖。教皇英诺森三世上台前一年，德皇亨利六世去世，德国境内皇位争夺激烈，亨利六世的遗孀带着其子腓特烈二世(1194—1250年)在西西里躲避。腓特烈二世虽是西西里国王，此时还是个婴孩。教皇要求作西西里国王冲龄时代的监护人和保护人，得到皇太后的同意。教皇趁机行使西西里的摄政权。但这一举动引起亨利六世心腹的不满，举兵攻打西西里。教皇耗费了大量资财，组织军事力量，才打败了对手，控制了西西里，再次收回拉温那、安科纳以及罗马尼阿地区的主权。
教皇英诺森三世还利用教廷自制的地图到处索回教皇的领土。当时罗马教廷中流行着多种教皇领土的地图，标明丕平和查理曼赠送的城镇地域。这些地图实际上是前任教皇们随意绘制，任意扩大“赠礼”范围。英诺森三世就按照地图去行使主权，在他的势力尚未达到的地方，实行欺骗活动，如派出说客到托斯卡纳地区，宣称该地区自古以来就是教会的领地。与此同时，教皇还利用德国局势混乱，以及德国在意大利的领土出现无政府状态，趁机占领了梅迪奇纳、阿尔杰拉塔、蒙泰韦利奥和马革尔达的全部领地。教皇还把势力扩展到那不勒斯边境，和乌姆伯利亚与亚平宁山之间的富庶地区。
德国争夺皇位的两个家族也竞相讨好教皇。1198年，竞争的一方——霍亨斯陶芬家族的腓力普表示， 他愿意以“土地、城堡、钱财”的高昂代价，换取教皇为他加冕。教皇立刻派出钦使到菲力普处协商，在腓力普答应教皇的一切请求之后，钦使赦免了腓力普曾率军侵占教皇领土的罪过。同年9月8日，教皇承认他为皇帝，举行加冕仪式。竞争的另一方——布伦斯威克的威尔夫家族奥托，也于同年自行加冕为德皇。双方大动干戈。1209年10月，奥托最终获胜，教皇转而为他行加冕礼。奥托为获得这顶王冠，作出了许诺，并在天主面前发誓：确认教皇对西西里的统治权，承认教皇现在所拥有的领土为教皇国疆土。至此，教皇国最后确立。
1207年，教皇英诺森三世在意大利维特尔博城召开会议，制定了教皇国的统治模式，即教皇国由各个省分治，各省省长由教皇委任，由教会高级神职人员担任，俗人只能担任下属官职，或统率各省自己的军队。各省省长每年要向教皇缴纳贡金，并宣誓效忠。这种体制与当时西欧封建的君臣封授制是一致的。
教皇国的最高权力机构是罗马教廷，各省上诉案件最后由教皇或教皇指定的枢机主教审理， 在教廷中设立“教皇最高法庭”。教皇国以罗马为首都，以黄、白、绿三色旗为国旗，教皇为教皇国最高主宰。
教皇国在历史上存在一千年。它的存在确保了教皇行使神权的独立性。这是其它基督教会主教所不具有的条件。君士坦丁堡基督教会和罗马教会一样，在罗马帝国时代是由皇帝直接扶植的，它们是基督教界东、西两大中心。但是，君士坦丁堡教会始终掌握在世俗政权的手中，在中世纪它牢牢地受控于东罗马帝国。1054年东、西教会正式分裂成“正教会”、“天主教会”后，君士坦丁堡教会虽是正教会之首席，却不能出现类似罗马教廷政教合一的中央集权机构。而罗马教会通过教廷不断发展宗教势力，形成天主教的教皇体制。
教皇国的出现可以说是意大利人民的灾难。这种封建专制神权统治的国家，是顽固的封建制度的象征，成为反对革命、反对进步的堡垒。意大利的统一事业只能推迟到近代来完成。在十九世纪初至七十年代，意大利人民不断与教皇国专制统治作斗争，最后在1870年完成了统一事业，以军事力量攻破了罗马，教皇国居民全体投票，以99%以上票数宣告教皇国的灭亡。
教皇国灭亡后，意大利历史上又出现“罗马问题”，即教皇不承认意大利王国，宁可充当罗马教皇宫——梵蒂冈宫的“囚徒”。罗马教皇经过59年的抵抗后，宣告失败，于1929年2月正式与意大利王国签订条约，承认既成的政治地理现实。意大利王国政府考虑到历史上教皇国的事实，给教皇一个体面的下场：在罗马西北角梵蒂冈，让教皇独自成立一个国家，面积0.44平方公里。这就是今天的“梵蒂冈城国”。不管怎么说，教皇又有一小块地方用以保障神权的独立。
754年克尔西献土文件是教皇国最早的文字根据，可惜它失传了。另一个根据却是伪造的“君士坦丁赠礼”。
丕平献土引起了东罗马帝国的抗议，因为丕平理该将意大利中部领土归还拜占庭。丕平称它的献土是为了圣彼得，为了教皇替他的加洛林王朝祈祷。教皇为了确保自己得到的领土，竟然伪造了一封罗马皇帝君士坦丁大帝(约306—337年)的书信，称它是写给当时罗马主教西尔威斯德一世(314—335年)。这封信写道：君士坦丁大帝曾得麻疯病，罗马祭司要皇帝用儿童殷红的热血洗澡，君士坦丁不忍心杀害无辜的儿童，没有依从。有一天，君士坦丁梦见天主向他启示，劝他领洗除病。他决定试验一番，就请求罗马主教为他施洗。当他跳入水池时，天空忽然显现出一只手，神彩四射，向他伸来。一出水面，身上麻疯病全好了。于是君士坦丁决定重谢罗马教会：迁都君士坦丁堡，把罗马，以至整个西罗马帝国都交给罗马主教及其后任们管辖。
很明显，信中称君士坦丁迁都君士坦丁堡、奉献罗马给教会的说法是违背历史事实的。教皇当时并没有出示君士坦丁文件真迹。有的史学家认为，后来流传下来的书信文字是十一世纪以后编造的，当时教皇只是口头说说，用于欺骗东罗马帝国。东罗马帝国不知底细，在这封伪书面前，除了哀叹，没有别的办法。这样，丕平的献土和伪君士坦丁书信相结合，奠定了教皇国的基础。这份伪造文件，到十五世纪，才被意大利人文主义者洛伦佐·瓦拉经过缜密考证，彻底揭穿。
但是教皇拥有的这一片土地还不能称为国家，这不仅因为“教皇国”的名称是十一世纪以后才出现的，更重要的是这些领土是作为教产接受的，并且教皇不能长期有效行使主权。比如，赠送给教皇的拉温那总督区，由于有着较深的拜占庭影响，一直不服从教皇管辖，拉温那主教也不服从教皇的神权。另外，在意大利本土上，只要有伦巴德人的存在，教皇的世俗权力就受到严重的挑战。
768年，教皇的保护人丕平去世，法兰克王国由他的两个儿子统治。王太后愿意与伦巴德人和解，让大儿子查理与伦巴德公主联姻。771年，查理成为法兰克王国唯一统治者，他采取了支持教皇的政策。同年，查理与伦巴德公主离婚，查理与伦巴德王的联盟破裂。773年，后者举兵进攻罗马公爵领地，教皇阿德里安一世呼吁查理出兵，提醒查理应该负起754年4月克尔西协定的义务。查理驱兵南下，一举灭了伦巴德王国，自立为伦巴德王，并且第一次采用了“伦巴德兼罗马人国公”的头衔。774年复活节，查理进入罗马，在教皇的要求下，他确认丕平献土，以武力压服拉温那主教承认教皇的领土主权。
但是，教皇又提出新的领土要求，要求查理把伦巴德人在意大利所占领的全部土地归还教皇。查理执意不肯，双方在781年重新签订协议，正式划定教皇领土的范围：罗马公爵领地(这是丕平时代没有明确提到的)、拉温那总督区、彭达波利斯地区，以及伊莫拉、波洛那、法昂扎、菲拉拉、安科纳、奥斯莫和奥玛纳等城市。规定教皇拥有这些领土的君权。协议还详细说明教皇在萨比尼、斯波勒托、本尼文托、卡拉伯利亚、托斯卡纳和科西嘉等地拥有的教产。查理以“罗马国公”的资格，拥有教皇领土上的司法审判权。
如果说，754年丕平与教皇的克尔西协定为教皇国的最早文献，查理与阿德里安教皇的这个协定是教皇国历史上最有权威的协定，它保证了相当一段时期教皇领土的稳定性。
814年查理死后，法兰克帝国迅速解体，教皇失去强有力的保护，罗马城内贵族派系纷争，力图控制教皇人选，进而攫取教皇的世俗领土。于是，教皇总是要与新上任的法兰克皇帝签订协定，重申丕平献土和查理划定的教皇领土，以及对教皇承担的义务。至今原件保存下来的有824年协定，由虔诚者路易皇帝(814—840年)的长子罗退尔与教皇尤金二世(824—827年)签订，称为“罗退尔宪章”，规定法兰克皇帝向罗马派驻使节，监督教皇领土上的政治和宗教事务，每个新当选的教皇必须当着罗马人向帝国使节宣誓效忠。
从九世纪下半叶起，意大利诸侯强大起来了，教皇实际上只拥有罗马公爵领地的世俗权力。960年，意大利王贝冷加发兵攻打罗马，教皇约翰十二世(955—964年)急忙从日耳曼萨克森王朝奥托一世(936—973年)那里搬来救兵。次年，奥托一世替罗马解了围，教皇奉送他一顶桂冠，把他加冕为罗马帝国皇帝，奥托一世回赠教皇一个新的契约(961年2月13日)①，保证为教皇收复教会领土，并加赐几座城池，继续向罗马派驻帝国使节，而教皇必须宣誓效忠神圣罗马帝国。这个契约只是加洛林王朝与教皇所达成的协议的重复，不同的是，教皇改换萨克森王朝作为靠山罢了。
契约签订的第二天，奥托一世就离开了罗马。奥托把收复教会领土的条款抛置脑后，教皇所乞求的保护成了一句空话。从965到996年，罗马贵族克雷吕奇控制了教皇的人选，成了教皇领土上的太上皇，教皇所能控制的领土寥寥无几，势力衰微。这种局面一直到十一世纪上半叶才逐渐改变。1001年，神圣罗马帝国皇帝奥托三世压服了罗马的贵族势力，获得了教皇人选的控制权，为教皇索回了彭达波利斯地区的八个郡。1020年，帝国皇帝亨利一世正式颁布诏书，下令恢复九世纪教皇领土的版图。但这诏书未能得到全面执行。
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