土元内部结构分为消化系统、呼吸系统、循环系统、排泄系统、生殖系统等几大系统，现分述如下。
1. 消化系统 土元的消化系统自前向后分别为口、前肠 (包括咽喉、食道和嗉囊三部分)、中肠 (包括前胃和胃部两部分)、后肠 (包括小肠和直肠两部分) 和肛门 (图 5)。
口周围的咀嚼式口器是摄取食物的器官，它将食物咬碎后吞下，进入嗉囊。嗉囊是食道膨大部分，是暂时贮存食物的地方。在贮存中食物被嗉囊液软化后黏合成团。嗉囊之后为一个膨大而肌肉丰厚的前胃，前胃的内壁具有外骨骼形成的齿状突起，可以继续研磨食物，把进入前胃的食物研得更细，同时还能阻止未经研细的食物向下运送。前胃的后端还有一个向前突入的贲门瓣，也有防止粗糙食物进入胃的功能。
胃是消化和吸收的主要部分，呈囊状。胃的前端有向外突出多条的胃盲囊，借以增加消化和吸收的面积。在胃的内壁有一层食物膜，有防止食物擦伤胃壁的作用，这层食物膜可以随时受破坏而脱落，脱落后还可以重新形成。另外，胃壁的细胞能分泌消化酶，可对食物进行彻底的消化和吸收。食物的残渣及水分进入肠，在小肠中吸收多余的水分后，在直肠中形成粪便，并通过肛门排出体外 (图6)。
图5 土元消化道模式图
2.呼吸系统 土元是以气管进行呼吸的，这些气管将空气直接运送到组织中去进行气体交换。气管在体壁上的开口叫气门，通常位于中胸、后胸和腹部各节的两侧，它与体节上的气管相连。气管再分支成为微气管分布在各种组织中。体节上的气管通过气门与外界相通，气门有活瓣，可控制气门的自由开关，保证气体进出畅通。一般生活在潮湿条件下的气门较大，而且是开放式的。
3.循环系统 土元的循环系统与其他昆虫一样是开放式循环，血液自心脏流出后，经过动脉进入血腔中运行，最后又通过心孔回到心脏。由于血液在血腔中流动压力比较低，这样可以避免由于附肢断后而引起的大出血，这是对附肢容易折断的极好适应。
图6 中华真地鳖雌成虫消化系统图
图7 一种蜚蠊的背血管(腹面观)
心脏呈管状，位于腹部体节的背面，每节有一个膨大的心室，各心室有一对孔，心孔具有活瓣能控制血流方向，与蜚蠊的背血管相似 (图7)。血液包括血浆和血细胞，但血细胞中不含血红蛋白。因此，血液中只能带很少的氧气，其主要功能在于运送养料、分泌物和代谢产物。
血腔又称血窦，为充满了血液的开管式的腔，它分别包绕着各个内脏，其中最大的围脏血窦包围了整个消化管，而腹血窦包围了中枢神经。
4.排泄系统 土元的排泄系统为马氏管。马氏管是消化管向外的突起，在血腔之中，它能从血液中收集各种代谢废物，送入肠中，同粪便一起排出体外。所有马氏管均通过一段粗而短的基管，开口于中肠后端。马氏管弯曲折叠于中、后肠周围，与许多气管缠结在肠道上，可随肠道蠕动，将尿酸等排泄物排出肠腔，带出体外。土元排出的废物像其他陆生昆虫一样，主要成分是不溶于水的尿酸，因此在排出时不会消耗大量体内的水分，这是对干燥环境的一种适应。
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图8 中华真地鳖雌性生殖系统
1.雌性生殖系统 2.产卵器
5.生殖系统 土元雌、雄异体，雌性生殖系统(图8) 位于消化道的背面、侧面和腹面，包括一对由中胚层起源的卵巢和与之相连的侧输卵管，后者通入由体壁内陷而成的中输卵管，最后以阴道开口于第7腹节板后缘腹产卵瓣基部。在阴道两侧各有一不规则的叶状生殖副腺。
卵巢： 中华真地鳖卵巢每侧都含8条卵巢管，卵巢管为典型的无滋式，基部粗，端部细，端部为一端丝，并集合为一悬带，借此将卵巢悬于体腔壁或背隔上，端丝下方连着一串逐渐增大的卵室，卵室直接同卵巢萼相连，再由卵巢萼通向侧输卵管。
侧输卵管： 侧输卵管左右各一条，由消化道的背面延伸到两侧，最后达到消化道下方，汇合成1条中输卵管。
中输卵管： 中输卵管位于消化道腹面，约相当于第7腹节处。黑冀地鳖的中输卵管虽短，但仍较明显，由中输卵管通到阴道。而中华真地鳖无中输卵管，是由侧输卵管直接通向阴道。
阴道： 亦称生殖腔，向外以生殖孔开口于腹部产卵瓣基部。
副性腺： 位于阴道两侧，左右各1，不规则叶状，开口于阴道。当雌虫产卵时，能分泌黏性物质，使卵黏结成卵鞘。
产卵瓣： 属外生殖器，由第8和第9腹节的附肢演变而来，分腹产卵瓣、内产卵瓣和背产卵瓣三对，因为在土内穴居生活，已大为退化，但保留其构造，隐于肛上板和末腹板之间，其中以中华真地鳖的产卵瓣骨化较强 (图8-2)。
土元雄性生殖器官在消化道背方左右各一个精巢，它由若干条小管组成，能够产生精子。与精巢相连接的是输精管，其末端膨大成贮精囊，是暂时贮存精子的地方。两条输精管与一条射精管相连，而射精管联结阴茎，与生殖孔相通。此外，在射精管的上端与能分泌黏液的副性腺相连，黏液有保护精子的作用。
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